Il nucleo originario del Museo Civico di Termini è costituito dalla collezione archeologica conservata nel Palazzo Senatorio della città. Fin dalla fine dei XVI secolo, alcune delle statue, delle iscrizioni e degli elementi architettonici, recuperati nel corso degli anni, furono trasferiti nel palazzo comunale si formò una raccolta archeologica, che fu ammirata da Houël, da Denon e da altri viaggiatori del XVIII secolo e degli inizi del XIX.

Nel 1846-47, Baldassare Romano, archeologo e studioso termitano, nonché corrispondente della Commissione per le Antichità e Belle Arti della Sicilia, curò il riordino della collezione e la sua sistemazione all'interno del palazzo, riunendovi anche altre epigrafi e reperti dispersi in altri edifici pubblici della città o in possesso di privati. Lo stesso Romano arricchì la raccolta civica con i reperti provenienti dagli scavi da lui diretti, soprattutto da quelli eseguiti nella necropoli occidentale della città, dove, nel 1835, aveva messo in luce una dozzina di tombe tardo-ellenistiche e della prima età imperiale.

Un vero e proprio museo fu realizzato solo nel 1873, per iniziativa di Ignazio De Michele e di Saverio Ciofalo; per molti anni, fino all'inizio del nostro secolo, quest'ultimo fu deputato al museo e ispettore onorario alle antichità.

La collezione conservata nel palazzo civico, insieme con altri reperti archeologia depositati presso la Biblioteca Liciniana o provenienti da raccolte private (A. Gargotta, I. De Michele), venne esposta nei locali dell'ex-ospedale della SS. Trinità (Fatebenefratelli), dove furono costituite anche una sezione storico-artistica ed una naturalistica. Secondo la concezione corrente nell'età del positivismo, il Museo Civico doveva documentare i diversi aspetti della città e del territorio, nel quadro di un indirizzo unitario della ricerca, e, pertanto, riunire collezioni artistiche e collezioni scientifiche